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Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie
UMR 7590 - UPMC/CNRS/IRD/MNHN

Plate-forme de Bioinformatique Structurale RPBS

Ressources Parisiennes de Bioinformatique Structurale

 

L’IMPMC fait partie des équipes qui ont fondé en 2004 le serveur RPBS dédié à la bioinformatique structurale. Il est reconnu par le groupement d’intérêt scientifique (GIS) IBISA, Infrastructures Biologie Santé et Agronomie. RPBS s’est regroupé avec sept autres sites de bioinformatique en Ile de France pour donner naissance à la plate forme ReNaBi Île-de-France (ReNaBi = Réseau National de Bioinformatique), qui s’appelle désormais Aplibio.


La spécificité de RPBS au sein d’Aplibio concerne essentiellement l’aspect structural des protéines. Les algorithmes développés au sein de l’IMPMC ainsi que des autres laboratoires actifs de RPBS sont mis en ligne à la disposition des utilisateurs. Mais la volonté est aussi de pouvoir proposer une chaine continue de traitements, qui aille depuis la mutation sur un gène jusqu’à la modélisation de la structure de la protéine mutée, et une préparation pour le criblage virtuel de composés à finalité thérapeutique. L’esprit des développements menés, en particulier dans le cadre du projet Mobyle  consiste à intégrer tout un ensemble de programmes alors que l’utilisateur reste sur son navigateur web. Que le programme sollicité soit en interne ou qu’il nécessite le recours à une ressource distante, la soumission est transparente pour l’utilisateur qui récupère ses données sur son écran de travail. L’enchainement des différents programmes gère de manière automatique les formats de données sans que l’utilisateur n’ait à intervenir. Enfin, un scénario est sauvegardé qui conserve la trace des algorithmes utilisés ainsi que de leurs paramètres, ce qui permet de revenir par la suite pour relancer une exécution en modifiant telle ou telle valeur.
Les outils proposés sont relativement uniques en France sur un seul serveur au niveau de l’analyse des structures des protéines. On peut valider sa conformation, faire un calcul du potentiel électrostatique, attribuer les structures secondaires, mesurer l’accessibilité au solvant de chaque acide aminé…
On compte environ 420 requêtes quotidiennes sur le serveur, provenant de toute la planète. Des solutions adaptées à un problème particulier peuvent être apportées après avoir sollicité l’avis du comité de direction, qui peut alors apporter son expertise. Des formations sont régulièrement proposées aux utilisateurs qui le souhaitent, dans le cadre de formations permanentes de l’INSERM ou des différentes universités partenaires.
 

Les équipements de RPBS sont les suivants, en 2011 :
- 958 cœurs, 50 To stockage.
- Un cluster de calcul avec deux serveurs de soumission (avec redondance de service), une passerelle de soumission en ligne de commande et cinq nœuds de 128 Go de RAM pour traiter des données à haut débit tels que  le NGS( Next Generation Sequencer), le repliement de peptides ab initio ou le repliement de domaines protéiques par méthode de Monte-Carlo.
- un serveur web frontal de huit cœurs qui fonctionne de pair avec deux serveur de virtualisation permettant de faire du load balancing pour supporter la charge des requêtes web, sécuriser les services et fournir une qualité de service constante.
- L’ensemble des équipements est ondulé indépendamment de l’infrastructure générale du bâtiment pour fournir une continuité de service d’au moins 30 minutes en cas de coupure électrique.  (+ climatisation 80kW non redondante…)

Jacques Chomilier - 17/03/16

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33 +1 44 27 46 86

 

Fax : 33 +1 44 27 51 52

L'IMPMC en chiffres

L'IMPMC compte environ 195 personnes dont :

 

  • 40 chercheurs CNRS
  • 46 enseignants-chercheurs
  • 19 ITA CNRS
  • 15 ITA non CNRS
  • 50 doctorants
  • 13 post-doctorants
  • 12 bénévoles

 

 Chiffres : janvier 2016